服用益生菌后，在身體內是一個漸變的過程。通過跟蹤檢測益生菌服用者體內腸道菌群的變化，臨床試驗研究表明，如果按療程（一個療程12周）服用定量的益生菌，則這些益生菌在人體腸道內有這樣的生長變化過程：

01.競爭期1-4周：在開始服用益生菌的1-4周內，益生菌會和腸道內已經存在的有害菌及中性菌展開競爭，包括競爭營養、競爭生存空間、競爭能在腸道壁上附著的位置。這也是細菌們在腸道里戰爭的慘烈階段，赫氏消亡反應也會發生在這一階段。有害菌死亡時會釋放大量毒素和其它代謝產物，一直益生菌生長及對人體造成不適，益生菌也會釋放大量細菌素（bacteriocin）和各種有機酸來消滅有害菌。雙方的死亡量都較大。

02.優勢期4-8周：由于堅持服用益生菌，這相當于在戰爭中不斷補充援軍，在4-8周這個階段，益生菌會逐漸占領上風，這時腸道內的有害菌的數量已經低于有益菌，有害菌釋放毒素和其它代謝物的量也被大大減低，同時外來的益生菌也會幫助體內原有的有益菌生產起來，和體內原有的有益菌進行協同作用，維護腸道健康。所以，這個時候人體會開始感受到病癥的改善。

03.鞏固期8-12周：繼續堅持服用益生菌，益生菌和體內原有有益菌一起協同作用，在腸道內的比例越來越高，有害菌的比例越來越低。人體對病癥的改善的感覺可能越來越明顯，但這時決不能掉以輕心，因為有害菌的生存力也是極其頑強的。研究顯示，大部分腸道有害菌都有較強的耐受酸堿性，耐膽汁和酶解的特性。

那些有害菌還會產生孢子（休眠的細菌細胞，但有極厚的特殊細胞壁保護，抗各種惡略環境能力極強）或生物膜（細菌團體分泌的胞外多糖聚合物保護膜，對細菌有極強的保護作用），在處于生長劣勢時這些有害菌會以孢子及被生物膜保護的休眠狀態下繼續存活。這樣的有害菌即使連抗生素也無能為力，研究顯示，只有益生菌這樣的生物武器才是目前對付這種有害菌的唯一辦法。所以服用益生菌一定要堅持到12周，使益生菌和體內其它有益菌的優勢最大化。

04.穩定器12周以上：當益生菌和有益菌在體內占有足夠優勢后，各種益生菌帶來的正面效果才會逐漸體現出來。為了鞏固這一效果，防止體內的有害菌（有害菌很難被完全殺死，多數處于休眠狀態）卷土重來，以丹麥為主的健康專家建議在服用12周的益生菌之后，可以將益生菌的攝入量減到一半（其實不減半對身體不可能有壞處，只是要花更多的錢），用來鞏固益生菌的效果，一直堅持到半年，然后可以停用。對大多數人來講，停用后，這一最優化的效果可以維持一段時間，大約半年到一年。但由于生活、飲食習慣等各種原因，現代城市人的生活方式較容易使腸道菌群不能達到最佳狀態，那么需要階段性的補充益生菌。

    內蒙古農業大學“乳品生物技術與工程”教育部重點實驗室主任張和平博士說：“從生物進化、生理學及其人體微生態的角度來看，人與益生菌菌種、菌群，環境與益生菌菌種、菌群都要適應；食物及飲食習慣也與要攝入的益生菌協調。比如篩選自歐洲人體腸道的益生菌菌株并不一定完全適合亞洲人群的腸道。”所以益生菌產品的選擇應該以是否適合我們中國人自己體質和生活方式所需作為挑選的第一要素。

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