在食品安全管理上，從供應商、加工廠到干混廠、分裝廠到物流運輸各個環節，都建立實施了乳制品HACCP認證體系，維護食品在生產流通過程中每一個階段的安全。

HACCP英文全稱為HazardAnalysisandCriticalControlPoint，中文意為危害分析關鍵控制點。HACCP是一套著重食品安全的質量保證體系，強調事前的預防、事中的監控，勝于事后的檢驗，是國家強制執行的管理體系。危害分析，就是有體系地分析食品，從產地到消費者手上的整個過程中可能產生的危害；關鍵控制點，就是要找出關鍵點及方法，預防危害的發生。HACCP主要是針對三種主要危害，分別是：

微生物-引起疾病的主因

物理性-異物等造成的傷害

化學性-化學用品造成的毒害

圣元實施HACCP，不但是從實際過程中加以控制，杜絕食品安全的危害，而且控制點是經由現場生產人員參與和預防得到的，并可進行定期和非定期的評估，修正推行計劃。

為了更進一步保證食品安全，除了HACCP外，圣元還通過了國際國內最高標準的食品安全管理體系認證，如：

1、實施食品安全審核（FOODSAFETYAUDIT）——根據美國AIB（AmericanInstituteofBarking）標準定期進行食品安全審核。

2、通過保健食品企業GMP審查——依據GMP制藥行業標準建設了亞洲產量的嬰幼兒奶粉單體工廠。GMP英文全稱為GoodManufacturingPractice，中文意為良好生產規范。GMP是一項自主性管理制度，要求在作業過程中，軟件與硬件并重，建立起標準化、制度化、記錄化的操作流程，并強調事前的防范重于事后的矯正。

3、通過ISO17025實驗室認可——圣元中心實驗室通過中國合格評定國家認可委員會檢測和校準實驗室能力認可，對每批產品都進行精確分析，然后應用統計技術對原料、過程、環境和成品數據綜合分析，保證產品安全，使用放心。